Nga và Phổ tuyển thêm quân mới để chống Pháp. Quân Phổ tập trung tại Sachsen. Tháng 8 năm 1806 vua Phổ Friedrich Wilhelm III quyết định gây chiến với Pháp trong khi quân Nga còn ở xa Phổ. Tháng 9 năm 1806, Napoléon đưa các lực lượng của mình tới phía đông sông Rhine. Sau khi thống chế Pháp Jean Lannes đánh bại quân Phổ ở trận Saalfeld (Đức) ngày 10.10.1806, thì 4 ngày sau, đích thân Napoléon cầm quân đánh bại quân Phổ tại trận Jena (14.10.1806), rồi thống chế Davout cũng đánh tan quân Phổ trong trận Auerstedt cùng ngày. Đạo quân Pháp gồm 160.000 người tiến như vũ bão vào Phổ. Ngày 27.10.1806, Napoléon vào Berlin, ông ta tới viếng mộ Friedrich II đại đế, bảo các tướng lãnh bỏ mũ ra chào và tuyên bố: "Nếu ông ta - tức Friedrich II - còn sống, thì hôm nay chúng ta không thể có mặt tại đây".

Tính chung, Napoléon chỉ mất 19 ngày để đánh tan quân Phổ và chiếm Berlin. Tại đây, Napoléon ký một loạt sắc lệnh ban bố việc Phong tỏa lục địa (Blocus continental) nhằm chống lại vương quốc Anh.